华法林可能导致胎儿的生育缺陷，建议服用华法林期间采取避孕措施。如果有生育计划或者已经怀孕，应及时与妇产科医生联系。

华法林能通过胎盘并造成流产、胚胎出血和胚胎畸形，在妊娠最初3个月华法林相对禁忌。而肝素不通过胎盘，是妊娠期较好的选择，但是费用较高。妊娠期间有3种治疗选择：妊娠全程应用普通肝素或低分子肝素；妊娠全程应用华法林，分娩时应用普通肝素或低分子肝素；妊娠前期应用肝素，而中后期应用华法林，直至分娩前再转换为普通肝素和低分子肝素。分娩前12小时停用肝素和低分子肝素，分娩后与华法林重叠使用4～5天，华法林对哺乳婴儿没有抗凝作用。

但是，瓣膜病房颤的妊娠患者血栓栓塞风险很高，应该在最初3个月和后3个月分别给予肝素抗凝，中间3个月可给予华法林，此时INR应该控制在2.0～2.5，以减少对胚胎的影响。而对于置入人工机械瓣膜的患者，最佳的策略是给予华法林并严密监测INR，因为普通肝素和低分子肝素的疗效均不确切。欧洲指南认为，妊娠期间华法林的剂量如果不超过5毫克／日，发生胚胎病的风险很低，可以应用华法林直至孕36周。建议只有妊娠患者的血栓风险极高时全程给予华法林抗凝，如二尖瓣置换术或有栓塞病史的患者。如果患者的华法林用量较大，也可考虑在孕第6～12周时给予普通肝素或低分子肝素。此期间应用华法林应该每周监测。妊娠期间静脉血栓栓塞性疾病（VTE）的预防和治疗应该给予低分子肝素，但是分娩后可以给予华法林。