结构域重排甲基转移酶包括DRM1、DRM2和Zmet3三个成员。它的结构与哺乳动物的Dnmt3甲基化酶类似。但它的催化结构域的保守基序排列方式是与众不同的，为Ⅳ-Ⅸ-Ⅹ-Ⅰ-Ⅱ-Ⅲ-Ⅳ-Ⅴ。其作用是在非对称位点从头甲基化DNA序列和维持失活转座子及转基因沉默位点的胞嘧啶甲基化修饰，并且对与外源siRNA同源的DNA中所有的胞嘧啶进行从头甲基化。