宋哲宗赵煦，是神宗的第六子，母亲是钦圣皇后朱氏。熙宁九年（公元1076年）十二月七日己丑，赵煦在宫中出生，当时赤光照亮了整个房间。他最初名为赵佣，被授任检校太尉、天平军节度使，封均国公。元丰五年（公元1082年），升任开府仪同三司、彰武军节度使，进封延安郡王。元丰七年（公元1084年）三月，神宗在集英殿宴请群臣，赵煦侍立一旁，他容貌纯粹温和，举止仪态得体，宰相及以下官员纷纷再次下拜表示祝贺。
元丰八年（公元1085年）二月，神宗卧病在床，宰相王珪请求早日确立太子，为宗庙社稷考虑，又奏请皇太后暂时一同处理政务，神宗点头同意。三月甲午朔日，皇太后在福宁殿垂帘听政，告诉王珪等人说：“皇子性情庄重，学习十分聪颖。自从皇帝服药以来，他手写佛书，为皇帝祈福。”接着拿出佛书给王珪等人看，上面的字写得极为端正严谨，王珪等人表示祝贺，于是遵照皇帝的旨意立赵佣为皇太子。当初，太子宫中常常有赤光，到这时光更加炽热如同火焰。
戊戌日，神宗驾崩，太子赵煦即皇帝位。己亥日，大赦天下那些通常赦免所不涵盖的罪犯。群臣晋升官阶，赏赐各军。派遣使者向辽国报丧。当天出现白虹贯穿太阳的天象。庚子日，尊皇太后为太皇太后，皇后为皇太后，德妃朱氏为皇太妃。任命宰臣王珪为山陵使。甲寅日，由于群臣坚决请求，皇帝才开始与太皇太后一同处理政务。
己未日，赐皇叔雍王赵颢、曹王赵頵朝见时赞拜不称姓名的礼遇。下令朝廷内外避讳太皇太后父亲高遵甫的名字。下诏边境事务中较为重要的，枢密院与三省共同商议后再呈进。庚申日，尚书左仆射、郇国公王珪进封岐国公。赵颢进封扬王，赵頵为荆王，两人都加太保衔。皇帝的弟弟宁国公赵佶为遂宁郡王，仪国公赵佖为大宁郡王，成国公赵俣为咸宁郡王，和国公赵似为普宁郡王。高密郡王赵宗晟、汉东郡王赵宗瑗、华原郡王赵宗愈、安康郡王赵宗隐、建安郡王赵宗绰都被任命为开府仪同三司。太师、潞国公文彦博为司徒，济阳郡王曹佾为太保，特进王安石为司空，其余官员晋升官阶，对退休官员赐给服饰、银帛，各有不同。辛酉日，下诏让颜子、孟子配享孔子庙庭。
夏四月丙寅日，皇帝首次驾临紫宸殿。辛未日，免除元丰六年以前拖欠的赋税。甲戌日，加李乾德同中书门下平章事，董毡检校太尉。下诏说：“先皇帝在位十九年，建立政事以恩泽天下，但有关部门奉行失当，几乎变得烦扰百姓，有的只是敷衍形式，不能广泛宣扬实惠。现申告朝廷内外，要齐心协力奉行命令，以符合先帝惠爱安抚百姓的心意。”乙亥日，下诏将太皇太后生日定为坤成节。丁丑日，召吕公著担任侍读。指示枢密院、中书省在都堂共同商议政事。下诏遵循先帝制度，派遣官员考察举荐各路监司的方法。庚辰日，吕惠卿派兵进入西夏境内，攻破六座营寨，斩首六百多级。辛巳日，派遣使者将先帝遗留的物品送给辽国并告知新帝即位，甲申日，水部员外郎王谔超越职权议论政事，被判处罚金。丙戌日，因蕃官高福战死，录用他的子孙。丁亥日，再次免除旧年拖欠的赋税。
五月丙申日，下诏让百官议论朝政的缺失。资政殿学士司马光路过京城，入宫觐见。丁酉日，群臣请求将十二月八日定为兴龙节。壬寅日，修筑熙州、兰州、通远军城，赏赐李宪、赵济银帛各有不同。甲辰日，制作受命宝。丙午日，京师发生地震。重新设置辽州。庚戌日，王珪去世。改命蔡确为山陵使。丙辰日，赐礼部奏名的进士、诸科及第出身共四百六十一人。戊午日，任命蔡确为尚书左仆射兼门下侍郎，韩缜为尚书右仆射兼中书侍郎，章惇知枢密院，司马光为门下侍郎。
六月庚午日，赏赐楚州孝子徐积绢和米。丁亥日，下诏朝廷内外的臣子和百姓都可以直言朝政的缺失、民间的疾苦。
秋七月戊戌日，任命资政殿大学士吕公著为尚书左丞。下诏废除府界、三路保甲的团教。丙午日，辽国人前来吊祭。丙辰日，白虹贯穿太阳。吏部侍郎熊本上奏归化侬智会一事有分歧，被判处罚金。停止沅州增修堡寨。
八月乙丑日，下诏按察官所到之处，有才能显著的人要上报姓名。己巳日，镇江军节度使韩绛晋升开府仪同三司。癸酉日，派遣使者祝贺辽主生辰、新年。乙亥日，因供奉王英在葭芦战死，录用他的儿子。
九月戊戌日，将神宗英文烈武圣孝皇帝的谥号祭告天地、宗庙、社稷。己亥日，在福宁殿献上宝册。己酉日，派遣使者到辽国答谢。
冬十月甲子日，夏国派遣使者进献帮助山陵建设的马匹。癸酉日，下诏仿照《唐六典》设置谏官。丁丑日，命令侍从各自举荐两名谏官。下诏监察御史兼任言事官，殿中侍御史兼任察事官。废除义仓。己卯日，下诏要均衡宽解民力，如果有关部门有导致命令废止搁置的，监司、御史要进行纠察弹劾。黄河在大名决口。乙酉日，将神宗皇帝安葬在永裕陵。丙戌日，废除方田法。因夏国主母去世，派遣使者吊祭。
十一月癸巳日，下诏审问强盗案件时，想要自首的不得减刑。丁酉日，祧迁翼祖，将神宗神位祔祭于太庙，庙乐名为《大明之舞》。辛丑日，将两京、河阳囚犯的罪行减轻一等，杖刑以下的释放，百姓因山陵劳役的免除其赋税。己酉日，辽派遣使者祝贺新帝即位。十二月壬戌日，于阗进献狮子，下诏拒绝。开设经筵，讲解《鲁论》，研读《三朝宝训》。废除《太学保任同罪法》。丙寅日，夏人将他们国主母亲的遗留物、马、白驼来进献。辛未日，左仆射蔡确、右仆射韩缜都晋升官阶、增加食邑，扬王赵颢、荆王赵頵都任太傅。壬申日，章惇、司马光等官员晋升官阶各有不同。甲戌日，废除后苑西作院。乙亥日，下诏执政、侍臣进行讲读。戊寅日，废除增设的十四个铸钱监。乙酉日，辽派遣萧睦等人前来祝贺新年。这一年，有六次出现日旁有五色云的景象。高丽、大食前来进贡。
元祐元年（公元1086年）春正月庚寅朔日，更改年号。丙午日，审查在京囚犯，将死罪以下的罪行减轻一等，杖刑罪的释放。丁未日，下诏额外赏赐高丽王鞍马、服带、器物和丝帛。废除陕西、河东元丰四年以后凡是因为军事行动而增设的官署。丙辰日，因久旱不雨，皇帝前往相国寺祈雨。建立神宗原庙。戊午日，天降甘露。
二月辛酉日，由于黄河在大名决口，毁坏百姓田地，很多百姓面临粮食困难，下诏让安抚使韩绛进行赈济。乙丑日，开始编纂《神宗实录》。丁卯日，下诏让左右侍从各举荐两名能够胜任监司的人，举荐不当的要受罚。庚午日，禁止边民与夏人进行贸易。辛未日，董毡去世，让他的儿子阿里骨承袭河西军节度使、邈川首领的职位。庚辰日，夏人前来进贡。辛巳日，刑部侍郎蹇周辅因变更盐法而被降职。
闰月庚寅日，蔡确被罢职。任命司马光为尚书左仆射、门下侍郎。下诏让韩维、吕大防、孙永、范纯仁详细审定役法。壬辰日，任命吕公著为门下侍郎。丙午日，守尚书右丞李清臣任尚书左丞，试吏部尚书吕大防任尚书右丞。出现白虹贯穿太阳的天象。丁未日，群臣给太皇太后的宫殿命名为崇庆，殿名为崇庆寿康；给皇太后的宫殿命名为隆祐，殿名为隆祐慈徽。庚戌日，赏赐于阗国王服带、器物和丝帛。辛亥日，章惇被罢职。甲寅日，下诏让侍从、御史、国子司业各举荐两名精通经典、品行端正、可以担任学官的人。乙卯日，任命吏部尚书范纯仁为同知枢密院事。丙辰日，掩埋京城暴露的尸骨。废除各州常平管勾官。
三月辛未日，下诏不得用堂选之官替换在选已注拟的官员。设置诉理所，允许熙宁以来获罪的人申诉。命令太学举行公试，由司业、博士主持，如同春秋补试的办法。癸酉日，设置开封府界提点刑狱一员。乙亥日，废除熙河兰会路经制财用司。己卯日，恢复广济河的漕运。辛巳日，下诏说民间疾苦需要商议宽缓抚恤的，监司要上报。任命程颐为崇政殿说书。乙酉日，允许职事官带职。
夏四月己丑日，韩缜被罢职。辛卯日，下诏各路遭受旱灾的免除租税。壬辰日，因旱灾讯察记录囚犯的罪状。癸巳日，王安石去世。辛丑日，下诏执政大臣各举荐三名能够充任馆阁之职的人。壬寅日，任命吕公著为尚书右仆射兼中书侍郎，文彦博处理军国重事。乙巳日，下诏户部裁减多余费用，并制定成法令。李宪等人因用兵失利，被刘挚弹劾，被贬官阶去管理祠庙。辛亥日，扬王赵颢、荆王赵頵都被特授太尉之职。下诏遇到科举时，让升朝官各举荐一名精通经典、品行端正的士人，等其登第时给予升甲的待遇。废除谒禁制度。知诚州周士隆招抚接纳溪洞百姓一千三百多户，赏赐周士隆银帛。癸丑日，确定六曹郎官的人数。
五月丁巳朔日，任命资政殿大学士韩维为门下侍郎。废除各路重禄制度，恢复熙宁以前的旧制。庚申日，夏人前来祝贺新帝即位。壬戌日，下诏让侍从、台官、监司各举荐一名县令。戊辰日，命令程颐共同修订国子监条制。己巳日，皇帝前往扬王、荆王的府第，给他们的九个儿子封官。癸酉日，恢复左、右天厩坊。壬午日，下诏让文彦博位列宰相之上。
六月甲辰日，设置《春秋》博士。吕惠卿被降职，分司南京，在苏州居住。戊申日，让富弼配享神宗庙庭。庚戌日，太白星在白天出现。甲寅日，下诏端正风俗，整治纪纲，不要追究细微瑕疵和小事。重新设置通利军。程颐上疏论述辅佐培养君主的品德。
秋七月丁巳日，设置检法官。辛酉日，设立十科举士法。刘恕参与编纂《资治通鉴》，还没得到恩赏就去世了，下诏给他的儿子封官。乙丑日，夏国主秉常去世。庚午日，夏国派遣使者祝贺坤成节。
八月辛卯日，下诏常平依旧法实行，废除青苗钱。壬辰日，封弟弟赵偲为祁国公。甲午日，占城国派遣使者前来进贡。壬子日，太阳旁边出现五色云。磁州的谷子不同田垄却长出同穗。
九月丙辰朔日，司马光去世。己未日，前往景灵宫举行朝献仪式。辛酉日，在明堂举行大享之礼，以神宗配享，大赦天下。丁卯日，任命试中书舍人苏轼为翰林学士、知制诰。己卯日，张璪被罢职。
冬十月丙戌日，将衍圣公改为奉圣公。庚寅日，太白星在白天出现。壬辰日，夏人前来报丧。庚子日，派遣使者前往吊祭。十一月戊午日，任命尚书左丞吕大防为中书侍郎，御史中丞刘挚为尚书右丞。乙亥日，于阗国派遣使者前来进贡。庚辰日，免除盐井官溪钱。
十二月庚寅日，下诏将来守丧期满后，依照元丰三年旧例，群臣不要给皇帝上尊号。戊戌日，华州郑县小敷谷山发生山崩。戊申日，下诏因冬季温暖无雪，判决在押囚犯。这一年，河北、楚、海各州发生水灾。
元祐二年（公元1087年）春正月乙丑日，封秉常的儿子乾顺为夏国主。戊辰日，下诏举人参加科举考试时，主考官不得从《老子》《庄子》《列子》书中命题。辛巳日，下诏让苏辙、刘攽编排整理神宗的御制作品。出现白虹贯穿太阳的天象。
二月丁亥日，派遣左司谏朱光庭出使河北，赈济受灾的百姓。下诏施、黔、戎、泸等州的保甲，监司可以免予每年检阅。丁酉日，额外赏赐于阗国金带、锦袍、器物和丝帛。己亥日，命令吏部选拔人员改任官职，每年以一百人为限额。辛丑日，下诏陕西、河东实行策应牵制法。当月，代州发生地震。
三月壬戌日，太皇太后亲手写下诏书，表示只在崇政殿接受册封。戊辰日，下诏朝廷内外侍从每年各举荐一名郡守。命令御史台察访民间奢侈僭越的现象。夏国派遣使者入朝答谢。癸酉日，将神宗的神位安奉在景灵宫宣光殿。庚辰日，下诏内侍省供奉官以下人员以一百人为限额。
夏四月丙戌日，交阯前来进贡。丁亥日，鬼章的儿子结龌龊侵犯洮东。戊子日，讯察记录囚犯的罪状。己丑日，下诏太师文彦博每十日在都堂商议一次政事。辛卯日，下诏：“冬夏干旱，天下受灾范围广泛，朕避开正殿、减少膳食，责备自身、反思过错，以谋求消除灾祸，恢复正常。”丁酉日，因为各地呈递到尚书省的诉讼文书，有的冤屈得不到申理，命令御史分别进行察访。己亥日，太皇太后因旱灾暂时停止接受册封的礼仪。癸卯日，天降大雨。乙丑日，任命徐州平民陈师道为亳州司户参军。丁未日，恢复制科。戊申日，皇帝回到正殿恢复正常膳食。李清臣被罢职。
五月癸丑日，夏人包围南川砦。丁卯日，任命刘挚为尚书左丞，兵部尚书王存为尚书右丞。壬申日，于阗前来进贡。丁丑日，下诏御史官职空缺时，由御史中丞、翰林学士、两省谏议大夫以上官员共同举荐。
六月辛丑日，任命安焘为知枢密院事。壬寅日，有像瓜一样大的星从文昌星旁出现。丙午日，邈川首领结药前来投降，被授予三班奉职。
秋七月辛亥日，下诏户部编纂《会计录》。韩绛以司空身份退休。夏人侵犯镇戎军。下诏府界、三路训练检阅保甲。恢复对获利场务亏额的科罚。丙辰日，废除各州定额以外的每年进贡。戊午日，因为辽国萧德崇等人前来祝贺坤成节，在垂拱殿设曲宴招待，开始使用音乐。庚申日，进封李乾德为南平王。辛酉日，将诚州改为渠阳军。辛未日，韩维被罢职。
八月辛巳日，程颐被免去经筵之职，暂代同管勾西京国子监。癸未日，因为西蕃侵犯洮、河，对受害百姓赐予钱粮，对死者的家属赐予布帛。下诏恢复进纳人改任官职的旧法。乙酉日，任命吕大防为西京安奉神宗御容礼仪使。庚寅日，西南蕃派人前来进贡。癸巳日，因为夏国政治混乱、君主年幼，强臣乙逋等人擅权违抗命令，下诏各路帅臣加强军事防备。庚子日，授予西蕃首领心牟钦毡银州团练使，温溪心瓜州团练使。辛丑日，泾原报告说夏人侵犯三川诸砦，官军将其打败。丁未日，岷州行营将领种谊收复洮州，抓获蕃酋鬼章青宜结。
九月乙卯日，在大庆殿颁发太皇太后的册宝。丙辰日，在文德殿颁发皇太后、皇太妃的册宝。己未日，夏人侵犯镇戎军。丁卯日，禁止私自制造金箔。
冬十月壬午日，将神宗的御容安奉在会圣宫及应天院。癸未日，太阳周围出现五色云。戊子日，恭敬地前往景灵宫祭祀。辛卯日，将西京囚犯的罪行减轻一等，杖刑以下的释放。己亥日，西南龙、张蕃派人前来进贡。庚子日，评定收复洮州的功劳，种谊等人晋升官阶、赏赐银绢各有不同。
十一月丙辰日，重新设置涟水军。庚申日，在崇政殿献上鬼章，因其罪当死，但允许他招回儿子及部属来为自己赎罪。乙亥日，雪下得很大，很多百姓被冻死，下诏加强赈济抚恤，对没有亲属的死者由官府掩埋。废除内殿承制试换文资的资格。丙子日，判决囚犯。
十二月乙酉日，赏赐各军及贫民钱财。丙戌日，兴龙节，首次在紫宸殿为皇帝上寿。己丑日，天气极为寒冷，取消集英殿的宴会。壬辰日，兀征声延部族老幼一万人渡过黄河南下，派遣使者供给他们粮食，并且告知声延不要丢失黄河北岸的土地。乙未日，白虹贯穿太阳。壬寅日，颁布《元祐敕令式》。这年冬天，开始关闭汴口。
元祐三年（公元1088年）春正月己酉朔日，皇帝不接受朝贺。庚戌日，重新设置广惠仓。己未日，前往景灵宫举行朝献仪式。庚申日，天气寒冷下雪，发放京西五十多万石粮食，降低价格以缓解百姓困难。辛酉日，下诏让广南西路朱崖军展现朝廷恩信，允许生黎悔过自新。壬戌日，取消上元节出游巡幸活动。壬申日，阿里骨上表到朝廷谢罪，朝廷命令边将不要出兵，并且停止招纳。甲戌日，判决囚犯。
二月甲申日，停止修建金明池桥殿。乙酉日，发布德音：将囚犯罪行减轻一等，徒刑以下的释放，工程劳役暂时停止一年，对流民中饥贫者酌情予以帮助。丙戌日，下诏河东地区极为寒冷，要酌情存恤戍边士兵。癸巳日，取消春宴。乙未日，白虹贯穿太阳。辛丑日，太白星在白天出现。乙巳日，广东兵马监童政因擅自杀害无辜被处死刑。
三月丙辰日，韩绛去世。丁巳日，皇帝前往集英殿策试进士。戊午日，策试武举。己巳日，赐礼部奏名的进士、诸科及第出身共一千一百二十二人。乙亥日，夏人侵犯德静砦，将官张诚等人将其打败。
夏四月戊寅日，命令各路郡邑详细陈述役法的利弊并上报。辛巳日，任命吕公著为司空、同平章军国事，吕大防为尚书左仆射兼门下侍郎，范纯仁为尚书右仆射兼中书侍郎。壬午日，任命观文殿学士孙固为门下侍郎，刘挚为中书侍郎，王存为尚书左丞，御史中丞胡宗愈为尚书右丞，户部侍郎赵瞻签书枢密院事。癸巳日，下诏确定职事官每年举荐晋升的人数。丁酉日，阿里骨前来进贡。庚子日，下诏天下郡城根据地理情况设置壮城兵数额，禁止将他们调作其他劳役。
五月癸亥日，汉东郡王赵宗瑗去世。
六月癸未日，下诏司谏、正言、殿中、监察御史，仿照旧例，由升朝官且有通判资历并经历一年的人担任。辛丑日，夏人侵犯塞门砦。甲辰日，出现五色云。
秋七月戊申日，荆王赵頵去世。戊辰夜，东北方亮如白昼，不久变成赤气，其中有白气划过天空。辛未日，太白星在白天出现。癸酉日，忠州报告说临江涂井镇下了黑黍。
八月戊寅日，阿里骨前来进贡。己卯日，进封扬王赵颢为徐王。辛巳日，重新设置荆门军。丙戌日，停止官吏试断刑法。丁酉日，渠阳蛮人侵犯。辛丑日，将在押囚犯罪行减轻一等，杖刑以下的释放。
九月庚申日，禁止宗室与内臣家联姻。乙丑日，阿里骨再次升职，加封食邑。下诏观察使以上官员赐予永业田。丁卯日，皇帝前往集英殿策试贤良方正能直言极谏科。
十月丙戌日，下诏停止新建各堡寨，废除渠阳军。戊戌日，恢复南、北宣徽院。
十一月甲辰日，派遣吏部侍郎范百禄等人治理黄河。丁卯日，大食麻啰拔国前来进贡。下诏每年十月供给巡城士兵冬衣。十二月丁酉日，渝州獠人侵犯小溪。壬寅日，白虹贯穿太阳。
闰月癸卯朔日，颁布《元祐式》。甲辰日，范镇进献定铸的律、度量、钟磬等，命令礼部、太常共同参定。戊申日，减少对宰执大臣的赏赐。庚申日，设置六曹尚书权官。丙寅日，下诏吏部详细审定六曹重复事务的利弊并上报。这一年，三佛齐、于阗、西南蕃前来进贡。天下上报户部：主户二百一十三万四千七百三十三户，男丁二千八百五十三万三千九百三十四人。客户六百一十五万四千六百五十二户，男丁三百六十二万九千零八十三人。判处死刑二千九百一十五人。
元祐四年（公元1089年）春正月壬申朔日，皇帝不接受朝贺，群臣及辽国使者前往东上阁门、内东门呈上表章表示祝贺。丙子日，在紫宸殿宴请辽国使者。甲申日，因夏人与宋朝通好，下诏边将不要挑起事端。
二月甲辰日，吕公著去世。庚戌日，白虹贯穿太阳。乙卯日，夏人前来答谢册封。
三月己卯日，制作浑天仪。胡宗愈被罢职。丁亥日，因天不下雨，取消春宴。己丑日，下诏从今以后举行大礼时不要给皇帝上尊号。辛卯日，白天有流星从东方出现。癸巳日，讯察记录囚犯的罪状。乙未日，取消前往琼林苑、金明池游玩。
夏四月乙巳日，吕大防等人因久旱请求辞职，皇帝没有批准。丁未日，曹佾去世。戊申日，取消大礼使以及奏告执政大臣的加赐。戊午日，确立进士考试四场的方法。壬戌日，将在京牧地开放给百姓使用。
五月癸酉日，下诏从今以后侍读以三人为限额。中丞李常、侍御史盛陶因没有弹劾蔡确，被改任官职。辛巳日，将观文殿学士蔡确贬为光禄卿。丁亥日，又将蔡确贬为英州别驾，安置在新州。丁酉日，于阗国前来进贡。
六月甲辰日，范纯仁、王存被罢职。丙午日，任命赵瞻为同知枢密院事，户部尚书韩忠彦为尚书左丞，翰林学士许将为尚书右丞。丁未日，夏国前来进贡。癸丑日，邈黎国般次泠移、四林栗迷等人携带于阗国黑汗王及其国蕃王的表章前来进贡。
秋七月丙子日，下诏恢复外都水使者。丁丑日，辽国使者萧寅等人前来祝贺坤成节，在垂拱殿设曲宴招待。庚辰日，安焘因母亲去世离职守孝。
八月壬寅日，敕令郡守和副职以“四善三最”考核县令，吏部每年上报监司考察知州的情况。辛酉日，太皇太后下诏：今后举行明堂大礼，不要让百官呈上表章祝贺。
九月戊寅日，在垂拱殿致斋。己卯日，前往景灵宫举行朝献仪式，辛巳日，在明堂举行大享之礼，大赦天下，百官都得到加恩，赏赐士人和百姓中九十岁以上的老人。乙酉日，分别额外赏赐韩缜、范纯仁器物和丝帛。乙未日，检取先朝文武七条，告诫百官遵守。
冬十月辛丑日，西南程蕃前来进贡。丁未日，龙蕃前来进贡。戊申日，翰林学士苏辙呈上《神宗御集》，收藏在宝文阁。癸丑日，皇帝前往迩英殿，讲官进讲《三朝宝训》。
十一月庚午日，敕令朝请大夫以下官员，进士出身的为左班，其余的为右班。溪洞彭儒武等人进献溪洞布。癸未日，任命孙固为知枢密院事，刘挚为门下侍郎，吏部尚书傅尧俞为中书侍郎。乙酉日，有星呈赤黄色，尾迹照亮大地。己丑日，太皇太后推辞元旦贺礼，让百官呈上表章。庚寅日，章惇买田违反法令，被降官。辛卯日，更改发运、转运、提刑参与妓乐宴会判徒刑二年的法令。
十二月庚子日，辽国使者耶律常等人前来祝贺兴龙节，在垂拱殿设曲宴招待。癸丑日，重新确定朝仪的两支舞蹈为《威加四海》《化成天下》。甲寅日，减少鄜延等路戍守士兵，让他们返回军营。戊午日，因御史空缺，命令中丞、两省各举荐二人。这一年，夏国、邈黎、大食、麻啰拔国前来进贡。
元祐五年（公元1090年）春正月丁卯朔日，皇帝驾临大庆殿接受朝贺。丁丑日，前往景灵宫举行朝献仪式。
二月丁酉日，废除各州、军通判奏举改官的制度。己亥日，夏人归还永乐之役中掳掠的一百四十九名吏士。庚子日，分别给溪洞人田忠进等九十二人加授不同的检校官。辛丑日，因天旱，停止黄河的修治工程。癸卯日，向五岳四渎祈祷降雨，停止疏浚京城城壕。丁未日，减轻天下囚犯的罪行，杖刑以下的全部释放。庚戌日，文彦博以太师身份充任护国军、山南西道节度等使退休，命令有关部门准备礼仪进行册命。壬子日，文彦博请求免去册礼，朝廷同意。甲子日，在玉津园设宴为文彦博饯行。
三月丙寅朔日，赵瞻去世。丁卯日，下诏赐给已故孙觉家缗钱，以资助办理丧事。壬申日，任命韩忠彦为同知枢密院事，翰林学士承旨苏颂为尚书左丞。癸未日，取消春宴。壬辰日，取消前往金明池、琼林苑游玩。
夏四月癸卯日，下诏让郑穆、王岩叟等人共同举荐两名监察御史。甲辰日，吕大防等人因天旱请求辞职，未获批准。丙午日，孙固去世。癸丑日，下诏讲读官在御前经筵结束后，留下两人在迩英阁奏对。丁巳日，下诏因天旱，皇帝避开正殿、减少膳食，取消五月初一在文德殿接受朝贺。辛酉日，任命保宁军节度使冯京为检校司空。
五月壬申日，下诏差役法若有不完善之处，让王岩叟等人详细陈述利弊并上报。乙亥日，天降大雨。己卯日，皇帝回到正殿恢复正常膳食。
六月辛丑日，讯察记录囚犯的罪状。癸亥日，白天出现五色云。
七月壬申日，泾原路经略司上奏：诸人违反制度典买蕃部田土，允许免罪，二顷五十亩以下的，责令他们招募弓箭手及买马以充备边防，各有不同安排。乙酉日，夏人前来商议划分疆界。
九月丁丑日，下诏重新设置集贤院学士。
冬十月癸巳日，撤销提举修河司。丁酉日，下诏将定州韩琦祠列入祀典。
十二月辛卯朔日，许将被罢职。安康郡王赵宗隐去世。丙辰日，禁军举行大规模检阅，赏赐银楪、匹帛，停止迁转资序。这一年，东北地区干旱，浙西发生水灾。赐予宗室子弟授官的有四十四人。判处死刑四千二百六十一人。高丽、于阗、龙蕃、三佛齐、阿里骨前来进贡。
元祐六年（公元1091年）春正月辛酉朔日，皇帝不接受朝贺，群臣及辽国使者前往东上阁门、内东门呈上表章表示祝贺。癸酉日，下诏祠祭、游幸活动不要用羔羊。
二月辛卯日，任命刘挚为尚书右仆射兼中书侍郎，龙图阁待制王岩叟签书枢密院事。癸巳日，任命苏辙为尚书右丞，追封宗室赵士伣为魏国公。庚子日，拂菻国前来进贡。丁丑日，授予阿里骨的儿子溪邦彪篯为化外庭州团练使。
三月癸亥日，吕大防呈上《神宗实录》。己巳日，皇帝前往集英殿策试进士。庚午日，策试武举。癸酉日，下诏御史中丞举荐两名殿中侍御史，翰林学士至谏议大夫共同举荐两名监察御史。丙子日，吕大防特授右正议大夫。壬午日，赐礼部奏名的进士、诸科及第出身共九百五十七人。丁亥日，取消前往金明池、琼林苑游玩。
夏四月乙未日，重新设置通礼科。丙申日，下诏慎重用刑。辛丑日，下诏大臣堂除差遣之职，不是品行才能卓越优异的人不可轻易授予。同时要搜求寻访遗落的人才，以备提拔任用。夏人侵犯熙河兰岷、鄜延路。壬寅日，太白星在白天出现。壬子日，赏赐南平王李乾德袍带、金帛、鞍马。
五月己未朔日，发生日食，取消在文德殿接受朝贺。庚辰日，下诏娶宗室女而得官的人，官职不得超过朝请大夫、皇城使。丁亥日，后省呈上《元祐敕令格》。
六月壬辰日，讯察记录囚犯的罪状。甲辰日，设置国史院修撰官。乙卯日，下诏任命田思利为银青光禄大夫，充任溪洞都巡检。
秋七月癸亥日，恢复张方平宣徽南院使身份退休。乙丑日，重新设置置解盐使。己卯日，赈济两浙水灾。
八月己丑日，三省进呈纳后的六礼仪制。辛卯日，下诏御史台：臣僚亲人去世十年不埋葬的，允许依照条令进行弹劾，并让吏部进行检察。己亥日，将宗正属籍改名为《宗藩庆系录》。命令文武官员出入京城门时要登记职位、差遣、姓名以及去向。己酉日，编纂《神宗宝训》。癸丑日，下诏鄜延路都监李仪等人因违抗旨意夜间出兵进入夏境，与夏人战死，不予赠官，其余官员降等。乙卯日，夏人侵犯怀远砦。
闰月壬戌日，严格整顿陕西、河东各路的边防。甲子日，太白星在白天出现。庚午日，下诏御史中丞举荐两名殿中侍御史，翰林学士、中书舍人、给事中举荐四名监察御史。壬申日，太子太保退休的张方平推辞宣徽使一职，朝廷不同意。甲申日，刑部侍郎彭汝砺因与执政大臣争论狱事，自己请求贬逐，下诏改任礼部侍郎。
九月丁亥日，夏人侵犯麟、府二州。壬辰日，下诏州中百姓被敌寇掳掠、房屋被焚烧毁坏的，赐给钱帛，庄稼被践踏的予以赈济，丢失耕牛的由官府贷款购买。癸巳日，皇帝前往集英殿策试贤良方正能直言极谏科。丁酉日，对贤良方正王普等人进行御试，按不同情况迁升官职。每年拿出内库缗钱五十万作为边防费用。甲辰日，皇帝前往上清储祥宫。壬子日，宫室建成，将天下囚犯的罪行减轻一等，杖刑以下的释放。癸丑日，因执政官实行谒禁法不合适，下诏若有关于利弊的陈述不要禁止。
冬十月丁卯日，白天有流星从东北方出现。庚午日，前往景灵宫举行朝献仪式，返回途中前往国子监，赐祭酒丰稷三品官服，监学官也分别赏赐不同数量的帛。庚辰日，命令各宫院建立小学。贵妃苗氏去世。癸未日，编修神宗御制的官员迁转官阶并给予赏赐。下诏京西提刑司每年拨给钱物二十万缗，以供奉陵寝。
十一月乙酉朔日，刘挚被罢职。壬辰日，制定《元祐观天历》。尚书右丞苏辙被罢职，前往绛州任职。辛丑日，傅尧俞去世。十二月戊辰日，开封府发生火灾。壬申日，范纯仁因以前御敌失策而被降官。这一年，两浙发生水灾，定州野蚕结茧。高丽、交阯、三佛齐前来进贡。
元祐七年（公元1092年）春正月甲辰日，因为辽国使者耶律迪去世，朝廷停止朝会一天。乙巳日，张诚一因为挖开父亲坟墓取犀带，被贬责授为左武卫将军，提举亳州明道宫。
二月丁卯日，下诏让陕西、河东边境重要地区进兵修筑守御城寨。
三月己亥日，讯察记录囚犯的罪状。
夏四月己未日，册立孟氏为皇后。甲子日，任命吕大防为皇后六礼使。甲戌日，确立考察县令政绩的方法。
五月戊戌日，皇帝驾临文德殿册封皇后。庚子日，取消侍从官轮流奏对的制度。丙午日，王岩叟被罢职，前往郑州任职。大食进贡火浣布。
六月辛酉日，任命吕大防为右光禄大夫，苏颂为尚书右仆射兼中书侍郎，韩忠彦为知枢密院事，苏辙为门下侍郎，翰林学士范百禄为中书侍郎，翰林学士梁焘为尚书左丞，御史中丞郑雍为尚书右丞，户部尚书刘奉世签书枢密院事。甲子日，设置广文馆的解送名额。戊辰日，浑天仪像制成。甲戌日，太阳旁边出现五色云。
七月癸巳日，下诏编纂《神宗史》。恢复翰林侍讲学士一职。己酉日，下诏各路安抚钤辖司以及西京、南京各赐一部《资治通鉴》。庚戌日，禁止缌麻以上亲属关系的宗室分家。
八月丙辰日，废除监酒税务增收剩余部分给予赏赐的法令。己未日，下诏西边各将领要严密防备，不要轻易出兵。乙亥日，告诫边将不要克扣军士。之前陷入交阯的将吏苏佐等十七人自行脱身归来。
九月戊戌日，下诏：“冬至日在南郊祭祀，应该依照旧例设立皇地祇的神位。祭祀完毕后，另外商议方泽祭祀的礼仪并上报。”己酉日，永兴军、兰州、镇戎军发生地震。
冬十月庚戌朔日，环州发生地震。丁巳日，陕西有前代帝王陵庙的地方，拨给五户百姓充任守陵户。丁卯日，夏人侵犯环州。
十一月辛巳日，太白星在白天出现。甲申日，下诏太中大夫以上官员允许占有永业田。丙戌日，于阗前来进贡。庚寅日，皇帝在大庆殿斋戒。辛卯日，前往景灵宫举行朝献仪式。壬辰日，祭祀太庙。癸巳日，在圜丘祭祀天地，大赦天下，朝廷内外群臣都得到加恩。取消南京的榷酒制度。百姓遭遇亲人丧事的，按不同等级免除徭役。辛丑日，赐徐王可以佩剑着履上殿的特权。
十二月辛亥日，给阿里骨、李乾德增加食邑和实封。甲子日，取消饮福宴。庚午日，祈祷降雪。这一年，兖州仙源县生长出瑞谷。高丽、占城、西南蕃龙氏、罗氏前来进贡。
元祐八年（公元1093年）春正月己卯朔日，皇帝不接受朝贺。甲申日，蔡确去世。丁亥日，皇帝前往迩英阁，召宰臣进读《宝训》。庚寅日，下诏恢复范纯仁太中大夫官职。壬辰日，皇帝前往太乙宫。庚子日，下诏将高丽进献的《黄帝针经》颁布于天下。
二月己酉日，下诏给西南蕃龙氏升官补官。辛亥日，礼部尚书苏轼进言：“高丽使者请求购买历代史书及《策府元龟》等书籍，应当拒绝他们的请求，不予以批准。”三省大臣表示同意，苏轼又上疏陈述五条危害，极力论述此事不可行。随后有旨意：“书籍之前已经购买的，听任其保留。”壬子日，下诏刑部不得区分囚禁人数，狱中因饥寒疾病而死人数较多的，要申报尚书省。癸丑日，下诏大宁郡王以下宗室子弟出宫到外学就学。
三月甲申日，苏颂被罢职。辛卯日，范百禄被罢职。庚子日，下诏御试举人重新考赋、诗、论三道题目。
夏四月丁未朔日，夏人前来谢罪，希望用兰州交换塞门砦，朝廷没有答应。癸丑日，下诏慎重用刑。甲寅日，命令范祖禹依照先朝旧例只兼任侍讲。丁巳日，下诏南郊合祭天地，取消礼部召集官员详细商议。
五月癸未日，设置蕲州罗田县。丁亥日，停止二广铸造折二钱。己丑日，讯察记录囚犯的罪状。辛卯日，监察御史董敦逸、黄庆基因为弹劾苏轼、苏辙，被罢职改任湖北、福建转运判官。己亥日，祁国公赵偲任开府仪同三司。
六月戊午日，梁焘被罢职。壬戌日，中书后省呈上《元祐在京通用条贯》。
秋七月丙子朔日，任命观文殿大学士范纯仁为尚书右仆射兼中书侍郎。戊寅日，命令陕西沿边的铁钱、铜钱全部撤回内地。
八月丁未日，雨下了很久。向山川祈祷天晴。辛酉日，因为太皇太后生病，皇帝停止处理政务。壬戌日，派遣使者巡察京东西、河南北、淮南的水灾情况。癸亥日，将京师囚犯的罪行减轻一等，徒刑以下的释放。丁卯日，向五岳四渎、宫观、祠庙祈祷。戊辰日，大赦天下。庚午日，下诏陕西重新铸造小铜钱。辛未日，向天地、宗庙、社稷祈祷。乙亥日，向各个皇陵祈祷。
九月戊寅日，太皇太后驾崩。己卯日，下诏将太皇太后的园陵按山陵规格办理。庚辰日，派遣使者向辽国报丧。甲申日，任命吕大防为山陵使。壬辰日，下诏山陵的修建奉行简约原则，各道不要随意进献财物资助。
冬十月戊申日，群臣七次上表请求皇帝处理政务。戊辰日，徐王赵颢请求辞官为太皇太后服丧，下诏不批准。庚午日，恢复内侍刘瑗等六人官职。
十一月丙子日，皇帝首次驾临垂拱殿处理政务。乙未日，因天气寒冷下雪，赈济京城饥民。壬寅日，赏赐慰劳修奉山陵的兵士。十二月乙巳日，范纯仁请求辞职，未获批准。甲寅日，仿照《唐六典》修订官制。丁巳日，辽人派遣使者前来吊祭。拿出钱和粟十万赈济流民。己巳日，给太皇太后上谥号为宣仁圣烈皇后。这一年，黄河水流入德清军，在内黄口决堤。