恭闵惠皇帝名叫朱允炆，是明太祖朱元璋的孙子，懿文太子朱标的次子，母亲是吕妃。朱允炆天生聪慧，勤奋好学，而且极为孝顺。十四岁那年，懿文太子生病，他日夜侍奉在侧，片刻不曾离开。过了两年，太子去世，朱允炆守丧期间哀伤过度，身形消瘦。太祖心疼地抚摸着他说：“你确实是纯孝之人，可也要顾念顾念我呀。”洪武二十五年（1392年）九月，朱允炆被立为皇太孙。洪武二十九年（1396年），重新制定了诸王拜见东宫的礼仪制度，诸王朝见后在内殿行家人之礼，毕竟诸王都是尊贵的长辈。起初，太祖让太子审阅奏章，太子生性仁厚，对于刑狱之事多有减免。后来此事交由皇太孙，朱允炆也秉持宽大原则处理。他还曾向太祖提议，全面考察礼经，并参考历朝刑法，对洪武《律》中量刑过重的七十三个条款进行了改定，天下百姓无不称赞他的仁德。
洪武三十一年（1398年）闰五月，太祖驾崩。辛卯日，朱允炆登上皇位，大赦天下，将次年定为建文元年。当天，太祖被安葬在孝陵。朱允炆下诏要守孝三年，群臣请求以日代月简化守孝时间。朱允炆说：“我并非效仿古人守丧期间不说话。上朝时我会穿戴麻冕裳，退朝后就身着齐衰服、手持丧杖、腰系麻带，饮食也只喝稀粥，而祭祀天地、宗庙仍按正常礼仪进行。”于是命人制定具体礼仪后呈上来。丙申日，下诏让五品以上文臣及州县官员各自举荐有才能的人，举荐不当的要受罚。六月，精简合并州县，裁撤多余官员。兵部侍郎齐泰升任兵部尚书，翰林院修撰黄子澄担任太常卿，一同参与军国大事。
这年秋天七月，朝廷征召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。朱允炆下诏推行宽政，赦免有罪之人，免除拖欠的赋税。八月，周王朱橚获罪，被废为平民，流放到云南。又下诏兴州、营州、开平各卫军全家都在军中服役的，可免一人服役；天下卫所军队中是独子的，放其回乡为民。九月，云南总兵官西平侯沐春在军中去世，左副将何福接替他统领军队。
冬天十一月，工部侍郎张昺出任北平布政使，谢贵、张信掌管北平都指挥使司，暗中监察燕王朱棣的一举一动。朱允炆下诏广纳直言，举荐山林中有才德的人士。十二月癸卯日，何福攻破并斩杀刀干孟，麓川得以平定。当月，朱允炆下令赐免天下明年一半的田租，释放受过黥刑的士兵和囚徒回乡。这一年，暹罗、占城前来进贡。
建文元年（1399年）春天正月癸酉日，朱允炆接受朝贺，但没有举行乐舞庆祝。庚辰日，在南郊隆重祭祀天地，以太祖配享。同时开始修撰《太祖实录》。二月，朱允炆追尊亡父为孝康皇帝，庙号兴宗，母亲常氏为孝康皇后；尊母亲吕妃为皇太后，册封妃马氏为皇后。封弟弟朱允熥为吴王，朱允熞为衡王，朱允熙为徐王；立皇长子朱文奎为皇太子。诏告天下，举荐遗落的贤才；赏赐高龄百姓米、肉、棉絮和布帛，官府负责收养鳏寡孤独及残疾之人；重视农业和桑蚕，兴办学校，考察官吏，赈济受灾贫民，表彰节孝之人，掩埋暴露的尸骨，免除荒田的租税；卫所军户如果绝后，不再勾补。还下诏诸王不得节制文武官吏和士兵，重新制定内外大小官职制度。三月，举行祭祀先师孔子的仪式；停止天下各司不急的事务。都督宋忠、徐凯、耿瓛率领军队驻扎在开平、临清、山海关；将北平、永清二卫军调往彰德、顺德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人担任采访使，分别巡察天下。甲午日，京师发生地震，朱允炆下诏征求直言。
夏天四月，湘王朱柏自焚而死。齐王朱榑、代王朱桂获罪，被废为平民。朝廷送燕王世子朱高炽及其弟朱高煦、朱高燧返回北平。六月，岷王朱楩获罪，被废为平民，流放到漳州。己酉日，燕山护卫百户倪谅告发燕王谋反，燕王府旗校于谅等人被诛杀。朱允炆下诏斥责燕王朱棣，逮捕王府官僚。北平都指挥张信反叛，归附燕王。
秋天七月癸酉日，燕王朱棣起兵反叛，杀死布政使张昺、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振、教授余逢辰宁死不屈，英勇赴死。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等人投降燕王。指挥马宣逃往蓟州，佥瑱逃到居庸关。宋忠赶赴北平，听闻变故后退保怀来。通州、遵化、密云相继投降燕王。丙子日，燕兵攻陷蓟州，马宣战死。己卯日，燕兵攻陷居庸关。甲申日，燕兵攻陷怀来，宋忠、俞瑱被俘后遇害，都指挥彭聚、孙泰奋力战死，永平指挥使郭亮等人反叛投降燕王。壬辰日，谷王朱橞从宣府逃奔到京师。长兴侯耿炳文被任命为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督宁忠为左、右副将军，率领军队讨伐燕王。朝廷祭告天地、宗庙、社稷，削去燕王属籍。下诏说：“国家遭遇不幸，骨肉至亲多次图谋篡位叛逆。去年，周庶人朱橚图谋不轨，供词牵连到燕、齐、湘三王。朕念及亲情，只惩治朱橚之罪。今年齐王朱榑谋逆，又与朱棣、朱柏同谋，朱柏认罪自焚而死，朱榑已被废为庶人。朕因朱棣与我最为亲近，不忍心深究此事。如今他却起兵作乱，妄图危害国家，获罪于天地祖宗，道义上不容赦免。因此派遣大军，前往惩罚。告知朝廷内外的臣民和军士，各自心怀忠诚、坚守道义，与国家同心协力，扫除这股叛逆的气焰，让国家永远安定太平。”不久又命令安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿瓛，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分兵多路一同进发。在真定设置平燕布政使司，由尚书暴昭掌管司中事务。
八月己酉日，耿炳文的军队驻扎在真定，徐凯驻扎在河间，潘忠、杨松驻扎在鄚州。壬子日，燕兵攻陷雄县，潘忠、杨松在月漾桥迎战，兵败被俘，鄚州也随之沦陷。壬戌日，耿炳文与燕兵在滹沱河北岸交战，战败，李坚、宁忠、顾成被俘，耿炳文退保真定。燕兵攻城不克，便撤兵离去。朝廷召辽王朱植、宁王朱权返回京师，朱权没有前来，朝廷下诏削去他的护卫。丁卯日，曹国公李景隆被任命为征虏大将军，取代耿炳文。九月戊辰日，吴高、耿瓛、杨文率领辽东兵围攻永平。戊寅日，李景隆的军队抵达河间，燕兵增援永平，吴高退保山海关。
冬天十月，燕兵从刘家口抄小路突袭并攻陷大宁，守将朱鉴战死。总兵官刘真、都督陈亨救援大宁，陈亨却反叛投降燕王。燕王带着宁王朱权以及朵颜三卫的士兵返回北平。辛亥日，李景隆再次包围北平，燕兵回师救援。十一月辛未日，李景隆与燕兵在郑村坝交战，战败后逃往德州，各路军队全部溃败。燕王朱棣再次上书朝廷。朱允炆为此罢免齐泰、黄子澄官职，但仍将他们留在京师。
建文二年（1400年），新年正月丙寅初一，朱允炆下诏，让前来朝见的官员无需行贺礼。丁卯日，举行祭祀先师孔子的仪式。二月，燕兵攻陷蔚州，接着进攻大同。李景隆从德州赶去救援，燕兵则返回北平。保定知府雒佥反叛，投降了燕王。甲子日，朝廷又将都察院恢复为御史府。同时，对江浙地区的田赋进行了调整。朱允炆下诏说：“国家有正常的赋税征收，江浙地区赋税独重，尤其是苏、松的官田，全都按照私税标准征收，这只是当初为惩戒一时而设，怎能作为固定的制度呢？如今全部予以减免，每亩不超过一斗。而且苏、松之人仍可在户部任职。”三月丙寅初一，发生了日食。朝廷赐予胡广等进士及第和不同出身。
夏天四月己未日，李景隆与燕兵在白沟河交战，起初击败了燕兵。但第二天再战，却遭遇惨败，都督瞿能、越巂侯俞渊、指挥滕聚等都在战斗中英勇战死，李景隆只好逃奔德州。五月辛未日，又逃到济南。燕兵顺势攻陷德州，接着攻打济南。庚辰日，李景隆在济南城下再次战败，向南逃窜。参政铁铉、都督盛庸全力抵抗燕兵。六月己酉日，朝廷派遣尚宝丞李得成去告诫燕王，让他罢兵。
秋天八月癸巳日，承天门发生火灾，朱允炆下诏征求直言。戊申日，盛庸、铁铉成功击败燕兵，解除了济南之围，还收复了德州。九月，朝廷下诏录用洪武年间因罪被废的功臣后代。辛未日，封盛庸为历城侯，提拔铁铉为山东布政使，参与军务，不久又晋升为兵部尚书。任命盛庸为平燕将军，都督陈晖、平安为副将。盛庸驻扎在德州，平安和吴杰驻扎在定州，徐凯驻扎在沧州。
冬天十月，朝廷召回李景隆，赦免他的罪过没有诛杀。庚申日，燕兵突袭沧州，徐凯被俘虏。十二月甲午日，燕兵进犯济宁，逼近东昌。乙卯日，盛庸成功击败燕兵，斩杀燕将张玉。丙辰日，双方再次交战，盛庸又一次获胜，燕兵逃往馆陶。盛庸的军队士气大振，发檄文让各屯驻军联合攻打燕兵，企图截断燕兵的归路。
建文三年（1401年）正月辛酉初一，象征皇权的凝命神宝制成，朱允炆祭告天地宗庙后，在奉天殿接受朝贺。乙丑日，吴杰、平安在深州截击燕兵，战事不利。辛未日，在南郊举行盛大的祭祀天地仪式。丁丑日，祭祀太庙，宣告东昌大捷。朝廷恢复了齐泰、黄子澄的官职。三月辛巳日，盛庸在夹河击败燕兵，斩杀燕将谭渊。但再次交战时却失利了，都指挥庄得、楚智等奋力拼杀，最终战死。壬午日，双方又一次交战，盛庸战败，逃往德州。丁亥日，都督何福前往德州救援。癸巳日，朝廷贬谪齐泰、黄子澄，并告诫燕王罢兵。闰月己亥日，吴杰、平安与燕兵在藁城交战，战败后，退回真定。燕兵在真定、顺德、广平、大名一带大肆抢掠。朱棣上书请求召回诸将，停止战争，朝廷派遣大理少卿薛岩前去回应。这个月，《礼制》编修完成，向天下颁布施行。
夏天五月甲寅日，盛庸出兵截断燕兵粮道，未能成功。朱棣再次派使者上书，朝廷却将使者关进了监狱。六月壬申日，燕将李远进犯沛县，焚烧运粮船只。壬午日，都督袁宇截击李远，却惨遭失败。
秋天七月己丑日，燕兵在彰德抢掠。丁酉日，平安从真定出兵攻打北平。壬寅日，大同守将房昭率领军队从紫荆关前往保定，驻扎在易州西水寨。九月甲辰日，平安与燕将刘江在北平交战，战败后，退回真定。
冬天十月丁巳日，真定的诸位将领派兵救援房昭，与燕王在齐眉山交战，结果战败。十一月壬辰日，辽东总兵官杨文攻打永平，与刘江在昌黎交战，同样战败。己亥日，平安在杨村击败燕将李彬。十二月癸亥日，燕兵焚烧真定的军事物资储备。朝廷下诏，对于那些出使时侵害百姓的宦官，当地官府可以将其逮捕治罪。这个月，驸马都尉梅殷镇守淮安。《太祖实录》编修完成。
建文四年（1402年）正月甲申日，朝廷将之前被流放蒙化的周王朱橚召回，让他居住在京师。燕兵接连攻陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华、济阳教谕王省都在抵抗中牺牲。甲申日，魏国公徐辉祖率领军队支援山东。燕兵攻陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦也都以身殉国。癸丑日，燕兵逼近徐州。二月甲寅日，都督何福与陈晖、平安驻军济宁，盛庸驻军淮上。己卯日，重新确定品官的勋阶。三月，燕兵攻打宿州，平安在淝河追上燕兵，斩杀燕将王真，但遭遇埋伏而战败，宿州被攻陷。
夏天四月丁卯日，何福、平安在小河击败燕兵，斩杀燕将陈文。甲戌日，徐辉祖等人在齐眉山打败燕兵，斩杀燕将李斌，燕兵心生畏惧，打算向北撤退。恰逢朱允炆听到传言，以为燕兵已经北撤，便召回徐辉祖，何福的军队也因此变得孤立无援。庚辰日，诸位将领与燕兵在灵璧展开大战，官军战败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明都被俘虏。五月癸未日，杨文率领辽东兵赶赴济南，在直沽溃败。己丑日，盛庸的军队在淮上溃败，燕兵渡过淮河，直奔扬州。指挥王礼等人反叛投降燕兵，御史王彬、指挥崇刚宁死不屈，最终战死。辛丑日，燕兵抵达六合，官军迎战，再次战败。壬寅日，朱允炆下诏让天下起兵勤王，派遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分路征兵。召回齐泰、黄子澄。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各自起兵前往京城护卫。甲辰日，派遣庆成郡主前往燕军，商议割地罢兵之事。
六月癸丑日，盛庸率领水军在浦子口击败燕兵，但再次交战时失利。都督佥事陈瑄率领水军反叛，归附燕兵。乙卯日，燕兵渡过长江，盛庸在高资港迎战，战败。戊午日，镇江守将童俊反叛投降燕兵。庚申日，燕兵抵达龙潭。辛酉日，朱允炆命令诸王分别守卫都城，派遣李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐前往燕军，重申之前割地罢兵的约定。壬戌日，又派遣谷王朱橞、安王朱楹前往，但燕王都没有听从。甲子日，朱允炆派遣使者带着蜡丸密信前往各地，催促勤王的军队赶来。乙丑日，燕兵进犯金川门，左都督徐增寿企图做内应，被诛杀。谷王朱橞和李景隆叛变，放燕兵入城，都城就此沦陷。宫中燃起大火，朱允炆下落不明。燕王派宦官从火中找出皇帝和皇后的尸体，八天后的壬申日将他们安葬。
有人说朱允炆是通过地道逃亡的。正统五年，有个和尚从云南来到广西，谎称自己是建文皇帝。思恩知府岑瑛将此事上报朝廷。经过审问，发现他是钧州人杨行祥，年纪已经九十多岁，被关进监狱，四个月后死去。与他同谋的十二个和尚，都被发配到辽东。此后，在滇、黔、巴、蜀等地，一直流传着朱允炆出家为僧时往来的踪迹。正德、万历、崇祯年间，诸多大臣请求续封朱允炆的皇后，并追加庙谥，都被下发到相关部门商议，最终没有施行。大清乾隆元年，朝廷下诏让大臣们集体商议，追谥朱允炆为恭闵惠皇帝。
后人称赞：惠帝朱允炆天性仁厚。登基之初，亲近贤才，勤奋好学，征召任用方孝孺等人。在典章制度方面，他一心想要恢复古代的规制。曾经因为生病而晚朝，尹昌隆进谏，他立即深刻地自我反省，并将尹昌隆的奏疏向朝廷内外宣告。他还免除军卫中的单丁服役，减轻苏、松地区的繁重赋税，这些都是对百姓大有好处的举措。然而靖难之役后，纪年又恢复为洪武，从此子孙臣民都对记载建文帝之事有所忌讳，民间传闻难免存在讹误。直到清朝，经过朝廷论定，确定了他的尊名，彰显了他的君主之德，实在是值得称赞。